Взломанный сервер, чужие файлы на сайтах

[dmawzx]

Есть такая программка winscp

Правильно я понимаю, что он работает через SSH типа Putty? Через FileZilla можно? Уверены, что это безопаснее?

Правильно! Можно! Уверен!
Смените стандартный рутовский 22 порт, в нете есть статьи как это сделать. Будет ещё безопаснее!

[ijkl]

Кстати, а можно и нужно ли менять порт ISPmanager с 1500 на другой?

[ls]

Если поменять порт, то переход по кнопке На сервер через Биллинг / VEmanager (для виртуализации OpenVZ это) работать не будет.
Меняется порт в /usr/local/mgr5/etc/ihttpd.conf и затем перезапуск ihttpd командой service ihttpd stop / service ihttpd start

https://doc.ispsystem.ru/index.php/%D0% ... B0_(ihttpd)