Не понятно зачем вы все хотите менять.
домен третьего уровня это просто ещё один домен в конф.файле веб-сервера (у вас это apache).
Как раз директива VirtualHost позволяет на одном IP и порту держать множество сайтов и различать их по заголовкам запроса.
Копируете секцию VirtualHost рабочего домена, меняете ServerName, DocumentRoot и перечитываете конфигурационные файлы веб-сервером (обычно apachectl graceful).
После этого, если домен указывает на IP вашего сервера, он должен начать открываться с него.
Подобной информации можно очень много найти просто воспользовавшись поиском.
Можете почитать, например, тут:
http://breys.ru/blog/39.html